潍坊医学院座落于山东半岛腹地的世界风筝都──潍坊市。其前身是创建于1951年的山东省昌潍医士学校，1958年扩建为昌潍医学院，1987年更为现名。
1951年5月16日， 山东省人民政府卫生厅根据华东军政委员会卫生部的命令，指示医疗卫生基础条件较好的原昌潍地区中心卫生院（现潍坊市人民医院，1883年建院，原为美国长老会所办的基督教医院)在潍坊市筹建一所中等卫生专业学校，定名为“山东省昌潍医士学校”，并确定1951年从全省范围内招收120 名学生，学制2年，毕业后由国家统一分配工作。
1952年原昌潍地区中心卫生院附设护士学校并入我校，此时，学校设医士、护士2个专业，学制均为3年。1955年 10月，山东省昌潍医士学校更名为“山东省潍坊医士学校”，但学校体制、专业设置均未发生变化。同年，学校被确定为山东省重点学校；1956年又与上海市卫生学校一起，被选定为华东区重点中等卫生专业学校。
1958年8月25日， 山东省人民委员会决定“在原山东省潍坊医士学校的基础上扩建为昌潍医学院”。当时的昌潍医学院设医疗专业，分本科5年和专科3年两种学制，在全省范围内招收高中毕业生。此时，学校为山东省16所高等院校之一。
1965年4月 5日，经国家卫生部和山东省人民委员会决定昌潍医学院进行半工半读试点，是全国6所试点的半工半读高等医学院校之一，由国家卫生部和山东省人民政府领导。当时，设医学专业，学制定为5年。原山东省委书记、著名书法家舒同为学校题写了校名。
从1958年到1965年，学校的规模、师资力量、教学设备和教育质量不断得到发展和提高。据1965年统计，学校建筑面积近1.1万平方米，教职工总数达138人，其中专任教师70人。学校各方面管理工作已日趋正规与完善，已成为一所有一定办学基础的普通高等学校。学生毕业后的实际工作能力，受到了医药卫生界的充分肯定和好评。
从1966年开始，学校进入长达10年之久的空前浩劫中，医学教育事业遭到严重破坏，到1970年，学校未招收一名学生。
自1971年开始，学校开始陆续招收工农兵学员，设医学专业，学制2年、3年不等，至1976年共招收6届1787名学生。1977年，国家恢复高考招生制度，学校恢复招收本科学生，学制4年，当年招生329人。1980年，学校恢复5年学制，年招生300余人。1982年，学校经国务院批准，成为国内首批学士学位授予权单位之一。
1983年12月，经山东省人民政府批准，恢复学校（含附属医院)省属领导体制，为厅（局)级单位，由省卫生厅主管。
1985年，学校增设卫生事业管理专业，招收卫生管理专修科学生50名，并举办了两期卫生领导干部进修班。
1986年，学校被国务院批准为第二批具有硕士学位授予权的单位，开始招收攻读硕士学位的研究生，为山东省招收研究生的14个单位之一，为有培养研究生能力的6所省属高校之一。此时，学校设临床医学和卫生事业管理2个专业，年招生350人，眼科学专业招收硕士研究生。
1987年9月17日，经山东省人民政府批准，昌潍医学院更名为“潍坊医学院”。
1990年，学校增设5年制麻醉学专业；1993年增设5年制眼耳鼻喉科学专业和3年制卫生经济学专业；1993 年底经国务院学位委员会批准，新增免疫学、药理学、整形外科学、人体解剖学4个硕士学位点，自1994 年起正式招收硕士研究生。
1994年增设3年制护理学专业，卫生事业管理专业改招5年制本科生，夜大学临床医学专业开始招收6年制本科生。
1996年经国务院学位委员会批准，又有内科学、影像医学、麻醉学、卫生统计学4个学科点取得招收硕士研究生的资格，学校招收全日制研究生、本、专科生达523人。
1997年，增设4年制卫生法学专业，卫生事业管理专业面向全国部分省市招生，学校招收全日制研究生、本、专科生达560人。
1998年，又增设儿科学和泌尿外科学2个硕士学位授予点，学校招收全日制研究生、本、专科生达660人。
1999年，增设5年制护理学本科专业，麻醉学专业面向全国部分省市招生；被省自考委和省卫生厅批准为山东省高等教育护理学专业（独立本科段)自学考试主考学校，并开始招生；
2000年，我院被国务院学位委员会批准为同等学力人员申请硕士学位授权单位和临床医学专业硕士学位授权试点单位；另有内科学、外科学、耳鼻喉科学、生理学、社会医学与卫生事业管理被批准为新的硕士学位授予点。学校招收全日制研究生、本、专科生1160人。
2001年，学校增设5年制口腔医学本科专业和3年制医学美容学专科专业，成人教育增设护理学、麻醉学、公共事业管理专业专科起点本科和护理学专业高中起点本科，并开始招生。
2003年，新增病理学与病理生理学、病原生物学、妇产科学、应用心理学4个硕士点，二级学科硕士点达17个。新增法学、预防医学、医学影像学、市场营销、劳动与社会保障、应用心理学6个全日制本科专业，成人教育新增医学影像专科起点本科和药学、检验医学、医药市场营销4个专业。
2004年，新增统计学、生物技术、医学检验、药学、英语5个全日制本科专业，本科专业总数达16个。
至此，学校设有临床医学、口腔医学、护理学、麻醉学、医学影像学、医学检验、预防医学、药学、公共事业管理、劳动与社会保障、市场营销、法学、应用心理学、统计学、生物技术、英语等21个本专科专业；有二级学科硕士点17个，涵盖基础医学、临床医学和卫生事业管理的大部分学科，主要招收生理学、免疫学、药理学、人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、病原生物学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、影像医学与核医学、麻醉学、流行病与卫生统计学、社会医学与卫生事业管理、应用心理学等专业的硕士研究生。目前，学校有硕士研究生500人，全日制本专科生12000余人。
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