潜伏期自感染病毒时即开始，搭配新药使用之混合疗法出现以前，潜伏期平均长达五至十年，依个人自我照顾程度不同而有差异，但也可能更长。换句说，感染者在这段期间不但不会出现任何症状，更可如常人般生活起居与工作。直到体内免疫系统被爱滋病毒完全破坏崩溃，因丧失抵抗力出现伺机性感染，以致发病。
病毒进入人体会产生抗体，现行检验即以侦测抗体为准。不过此时因抗体浓度不够，无法检验出正确结果，必须等到一段时间之後，才验得出来，这一段时间就是空窗期。
就绝大多数人而言，空窗期长度以三个月为准，换句话说：假如您在十二月一日发生危险的性行为，空窗期即由此开始计算，易言之，有效检验日期应是三月一日。
其中还有一个必要条件，就是在这三个月当中，不能再有其他危险的性行为，否则必须重新计算。
不过还有一些极少数的人，空窗期可能会超过三个月、半年或更久;另外也有些朋友可能长期处於空窗期状态之中(如持续性多重性伴侣、静脉毒瘾、甚至家庭主妇)，果若如此，建议您依性伴侣人数多寡、性行为频率高低作为定期检查的依据。假如伴侣多，建议每半年作一次检验;反之则每年作一次即可。
艾滋病的潜伏期是非常长的，有的患者的疾病潜伏期能长达十几甚至二十几年。在潜伏期间，艾滋病患者和正常人一样生活工作，因此，也往往被一些患者忽视。
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