大肠菌是人体肠道中优势菌，对其它菌、特别是致病菌，起到了抑制作用，同时还能产生维生素，供人体用。但离开肠道，进入其它部位，也会致病，如尿路感染，因此是一种条件致病菌。
大肠菌作为饮用水指标，是因为培养简单，而肠道粪便中绝大多数是此菌，当水中有此菌时，则提示可能受到粪便污染，就有可能受到致病菌污染。
当水消毒不当，水的大肠菌超标，家用可采取开水饮用，不喝生水，一样可以防止肠道病传染。也可采用自家加氯消毒法，用漂精片，按每担水加一片剂量，混匀过夜，同样起消毒作用。
由大肠杆菌导致的疾病：
1、肠道外感染。
多为内源性感染，以泌尿系感染为主，如尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎。也可引起腹膜炎、胆囊炎、阑尾炎等。婴儿、年老体弱、慢性消耗性疾病、大面积烧伤患者，大肠杆菌可侵入血流，引起败血症。早产儿，尤其是生后30天内的新生儿，易患大肠杆菌性脑膜炎；
2、急性腹泻。某些血清型大肠杆菌能引起人类腹泻。其中肠产毒性大肠杆菌会引起婴幼儿和旅游者腹泻，出现轻度水泻，也可呈严重的霍乱样症状。腹泻常为自限性，一般2～3天即愈，营养不良者可达数周，也可反复发作。肠致病性大肠杆菌是婴儿腹泻的主要病原菌，有高度传染性，严重者可致死。细菌侵入肠道后，主要在十二指肠、空肠和回肠上段大量繁殖。此外，肠出血性大肠杆菌会引起散发性或暴发性出血性结肠炎，可产生志贺氏毒素样细胞毒素。
传播途径：
该种疾病可通过饮用受污染的水或进食未熟透的食物(特别是免治牛肉、汉堡扒及烤牛肉)而感染。饮用或进食未经消毒的奶类、芝士、蔬菜、果汁及乳酪而染病的个案亦有发现。此外，若个人卫生欠佳，亦可能会通过人传人的途径，或经进食受粪便污染的食物而感染该种病菌。
潜伏期：
通常为3至4日，但亦会长达9日。
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