《医部全录》共520卷，约950万言。 为医经注释。内容包括对《灵枢》、《素问》、《难经》三部经典的注释。其中对《灵枢》的注释，采用了明代马元台全文注释的《黄帝内经灵枢注证发微》，清代张志聪注解的《黄帝内经灵枢集注》两家注文；对《素问》的注释，则采纳了唐代王冰重新编次并注释的《黄帝内经素问》，明代马元台注释的《黄帝内经素问注证发微》，清代张志聪注释的《黄帝内经素问集注》三家之注；对《难经》的注释，仅取元代滑伯仁注释的《难经本义》一家注文。诸家注释辞达理明，析其精微，探其隐赜，钩其玄要，辨疑正误，颇得岐黄越人之旨趣。 为脉法、外诊法、脏腑身形等内容。其中“脉法”和“外诊法”，摘取了30余种医学书籍中有关四诊的论述。望、闻、问、切四诊合参，临床诊断疾病要结合患者的不同年龄、性别、体型、禀赋、动静等情况；望诊、切诊要因时、因地、因人而宜。词简意明，描述生动，辨析精详，切合实用。对“脏腑身形”内容，共博采了50多种重要医学名著的有关资料，详细载述了脏腑学说、经络学说，运气理论、身形理论，详细阐发了中医基础理论的精华内容。 为临床各科疾病的证治。其中“诸疾”为内科常见病证，收辑了古代医书中有关52种内科常见疾病证治的资料，一一做了论述。外科部分，多取材於元代窦汉卿的《疮疡经验全书》、元代齐德之的《外科精义》、明代王肯堂的《疡医证治准绳》、陈实功的《外科正宗》、楼英的《医学纲目》等书内容。列痈疽疔毒、附骨流注、游风丹毒、疠疡癜风、浸淫疥癣等11门；妇科部分，所辑录的文献资料，多取材於妇科名著，以月经、子嗣、胎前、临产、产后、崩漏等分门别类，详尽论述；儿科部分，内容最为丰富，用100卷之多，分两大部分详细地作了载述，前半部对小儿一般常见病证列52门，分别进行阐释，包括胎养、初生护养、诊断以及各种疾病的治疗；后半部痘疹专论，详尽地叙述了中医对天花、麻疹的治疗经验。在其所选载的文献资料，有一部分录自现已少见的古代儿科著作。 设总论、列传、艺文、纪事、杂录、外编等内容。“总论”从《易经》、《周礼》及《灵枢》、《素问》等经典著作中摘录了某些有关医学的概论性资料；“医界名流列传”收辑了清初以前历代著名医学家的传记一千多例；“艺文”是历代医药书籍中有研究价值的序和一些医学家的诗文；“纪事”是历史书、笔记中有关中国传统医药的记事；“杂论”是有关书籍中记载的医学事迹和寓言故事；“外编”是非医学书籍中所记载的有关医学传说等内容。《古今图书集成・医部全录》辑录了从春秋战国到清朝初期的医学著作百余种，分门别类归纳集成。其结构严谨，层次分明，载述有据，论理精详。此书对於医籍整理和医学整部著述的集成，在中医学术的发展上起到了积极的作用，有医学百科全书之称。
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