1．病毒感染疾病：如流行性感冒、慢性病毒性肝炎等；
2．功能性疾病：如心脏神经官能症、胃神经官能症、肠道激惹综合征、习惯性便秘、慢性消化不良、头晕目眩、疲倦无力、心悸、失眠、健忘、无名发热等病症；
3．慢性病和老年疾病：如慢性呼吸道疾病、肺气肿、肺心病、慢性胃炎、慢性结肠炎、慢性肾炎、慢性泌尿系感染、中风后遗症、冠心病、高脂血症、糖尿病、贫血、耳目失聪等病症；
4．原因不明或病因复杂的疾病：如艾滋病、癌症、戒毒的防止复吸、更年期综合征、低血压等。
5．神经精神科疾病：如头晕、头痛、失眠健忘、狂躁、忧郁、神经官能症、面瘫等病症。
6．结缔组织疾病：如风湿与类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等。
7．骨科疾病：如骨折、骨病、骨肿瘤、骨关节畸形、股骨头坏死等。
8．皮肤科疾病：湿疹、神经性皮炎、脱发、银屑病、白癜风等。
9. 妇科疾病：如月经不调及经前期、更年期综合征、痛经、月经失调、功能性子宫出血、女性不育、阴冷、更年期综合症、妊娠及产后疾患（如严重的妊娠反应、产后无乳、回乳）、乳腺小叶增生等。
10．男科疾病：阳痿、遗精、少精、死精、前列腺炎、男性不育等。
11．儿童疾患：各种病毒感染性疾病（如上感、腮腺炎、病毒性肺炎等）、小儿反复发作的上呼吸道感染、婴幼儿腹泻、小儿厌食及营养不良等。
12．大病初愈和亚健康：对大病初愈后的康复期中出现全身疲乏、头晕、失眠、没有食欲、消化不良、盗汗、低热等不适以及亚健康状态的调理。
需要说明的是：即使被认定为是中医临床治疗优势的病种，并非都能达到百分之百的治愈率(西医也是如此)，有的能够获得令人满意的效果，有的就不一定，尤其是艾滋病和部分恶性肿瘤等疑难疾病无论中医还是西医现在都还不能完全治愈，能够在一定程度上改善临床症状就不错了。因此，这里所说的优势，是与其它非中医方式比较相对而言的。还有专家指出，以上虽为中医优势病种，但对有些病种却只是在疾病的某些治疗阶段或对疾病某些方面的治疗具有优势。如中医对糖尿病的治疗，其降糖作用并不占优势，但对并发症有很好的疗效。中医对中风的治疗主要体现在对中风后遗症的治疗，能够收到较好的疗效，但在中风早期的降血压和快速清除出血等方面则是弱项。此外，中医对肺结核、脑出血等疾病尚处于相对劣势。
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