京都医院开设了外科：普外科、泌尿外科、骨外科、新生儿外科。内科：血液病中心、呼吸中心、新生儿内科、肾内科、神经内科、心内科、消化科、内分泌科、免疫科、感染疾病科。急诊科、皮肤科、口腔科、耳鼻喉科、眼科、儿童保健科、小儿国医堂（中医科）、特需门诊(VIP门诊)、门诊输液厅。特色科室有：血液肿瘤中心、呼吸哮喘中心、急重症中心、儿童保健中心。
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