如果卵巢囊肿没有特指的话，这里的卵巢囊肿应该是指发生在卵巢的良性囊肿，包括单纯的卵巢囊肿、卵巢浆液性囊肿、卵巢粘液性囊肿、卵巢上的囊性畸胎瘤和长在卵巢上的子宫内膜异位囊肿。至于卵巢的黄体囊肿，虽然也可以长得较大，但在激素的周期性作用下，一般都会自行消退，对卵巢功能不产生任何影响。有时候输卵管和卵巢也可以因急性感染形成输卵管-卵巢炎性囊肿，但非常罕见，这里就不讨论了。而卵巢的恶性肿瘤，固然也可以以囊性或者囊实性的面目出现，但因为不再是良性疾病，也不在这里讨论了。
一般来说，以上几种卵巢囊肿，对卵巢的功能的影响是很小的，尤其是当囊肿的直径比较小的时候，对卵巢功能没有什么影响。但是，当囊肿直径较大时，囊肿可以发生蒂扭转，称为卵巢囊肿蒂扭转。一旦发生蒂扭转，供应卵巢的血液就会受到阻碍，导致卵巢发生坏死。其中，以畸胎瘤最容易发生卵巢囊肿蒂扭转。
以前发现了蒂扭转后，一般都是“一刀切”，即把发生扭转的一侧卵巢输卵管切除。这是因为早年有两例卵巢囊肿蒂扭转的病人，并发了血栓。以至于以后的医生，遇到后来的医生遇到类似情况都是一刀切。直到90年代中期，学术界才发现绝大多数卵巢囊肿蒂扭转不会并发血栓。因此，只要卵巢组织还没有明显坏死，都可以在腹腔镜下做卵巢囊肿剥除术，然后对卵巢进行复位、固定，术后卵巢也能恢复正常的功能。一般认为，从疼痛到坏死，大约需要6小时，因此，对于出现疼痛不足6小时的病人，应该尽快手术，争取保留卵巢。
如果没有发生卵巢囊肿的扭转，卵巢囊肿可以不断长大，压迫正常卵巢组织的皮质部分。这种人的卵巢，一般都是有功能的，但是一旦手术，就会发现卵巢剩余部分的正常组织所剩不多。这在卵巢子宫内膜异位囊肿、卵巢囊性畸胎瘤中最常见。因此，对于卵巢囊肿，一旦确诊不是生理性囊肿的话，还是应该尽量早点手术，切除囊肿、保护卵巢。否则，一旦卵巢皮质被压，受到伤害后，即使医生将来将卵巢囊肿小心翼翼的剥除，也会导致卵巢功能受损。另外，卵巢囊肿如果直径很大，无法剥除时，只能切除卵巢，这样就丧失了卵巢，当然就有很大的影响了。
即使卵巢囊肿直径比较小，对卵巢功能没有影响，可以完全剥除，但如果在剥除过程中处理不当，比如使用的能源工具对卵巢皮质的残余部分有损伤（包括电损伤、热损伤等），也是会伤害卵巢的。但这是另外一个问题，处理得好，是可以避免的。
最后要提及的是，有些卵巢囊肿会影响生殖功能，但具体的机理并不清楚，其中以子宫内膜异位囊肿最明显。子宫内膜异位囊肿一般不影响卵巢的功能，但如何使人不孕，就不清楚了。很多单纯性卵巢囊肿手术后，输卵管卵巢的功能得到恢复，不影响受孕，但子宫内膜异位囊肿即使手术切除了囊肿，还是容易合并不孕症。这是一个很专业的问题，以后再谈。
对于卵巢囊肿的治疗，除了手术之外，没有任何药物、食物可以影响卵巢囊肿的生长，更不能使之消失。某些人的回答全是扯淡。所有声称能使用药物治疗卵巢囊肿的，都是骗子。这些能消失的囊肿，实际上都是生理性囊肿，不需要任何治疗，也会自行消失。当然，如何判断生理性囊肿，还是病理性囊肿，则需要对超声图像有深刻的理解。
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