从颁发的学位证书来说
康复治疗学是医学门类下医学技术类中的一个二级学科，本科毕业颁发的是医学学士学位，有的学校会颁发理学学士学位。
运动康复是教育学门类下体育学类中的一个二级学科，本科毕业颁发的是教育学学士学位。
从专业背景来说
20世纪80年我国将康复治疗学这个概念引入，随着我国人口老龄化发展和人们健康意识的改变, 国家经济实力、政府和社会保障能力的不断提升，康复医学教育也随之提升到一个重要位置。一个优秀的康复团队，不仅要有经过严格训练的合格的康复医师，对于物理治疗、作业治疗、语言治疗、康复工程、心理治疗、康复护理、社区康复等专业人员培养，都需要统筹安排，有计划按比例地发展。为此，卫生部采取医学院校设置康复医学课程或专业与举办在职医务人员短期培训相结合、普及与提高相结合的原则，多层次、多渠道、多种形式办学。同时，卫生部致函各高等医学院校，要求增设康复治疗专业，目的是向医学生普及康复医学知识、拓宽知识面，也有利于临床治疗医学与康复医学科相互配合。
2014年国务院颁布的《关于加快发展体育产业促进体育消费的若干意见》明确了六方面任务, 其中包括:“促进康体结合, 加强体育运动指导, 推广‘运动处方’, 发挥体育锻炼在疾病防治以及健康促进等方面的积极作用。大力发展运动医学和康复医学, 积极研发运动康复技术, 鼓励社会资本开办康体、体质测定和运动康复等各类机构”。2016年国务院《关于加快发展健身休闲产业的指导意见》中再次提出“推动‘体医结合’, 加强科学健身指导, 积极推广覆盖全生命周期的运动健康服务, 发展运动医学和康复医学, 发挥中医药在运动康复等方面的特色作用”。在多项国家政策的影响下，为满足竞技体育和大众健康对运动康复专业人才的迫切需求, 各大体育院校及部分医学院校根据运动员运动损伤预防与康复的实际需要，相继开设运动康复专业。
从大学开设专业课程来说
康复治疗开设课程有：生物学、解剖学、生物化学、生理学、组织学与胚胎学、免疫学、药理学、病理学、病理生理学、诊断学、计算机学、医学统计学、文献检索学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、表面解剖学、生物力学、康复医学总论、康复评定学、康复工程学、物理治疗学、作业治疗学、语言治疗学、康复护理学、康复心理学、儿童康复学、骨科康复学、内科疾病康复学、神经伤病康复学、社区康复学、传统康复学等。
康复治疗开设课程有：生物学、解剖学、生物化学、生理学、组织学与胚胎学、免疫学、药理学、病理学、病理生理学、诊断学、计算机学、医学统计学、文献检索学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、表面解剖学、生物力学、康复医学总论、康复评定学、康复工程学、物理治疗学、作业治疗学、语言治疗学、康复护理学、康复心理学、儿童康复学、骨科康复学、内科疾病康复学、神经伤病康复学、社区康复学、传统康复学等。
总结来说，运动康复侧重于中医，康复治疗侧重于西医
从就业来说
康复治疗学专业人才毕业后可以选择到综合医院康复医学科、康复医院（中心）、社区卫生服务中心、疗养院、养老院或其它健康保健机构从事康复治疗师的工作
运动康复专业人才毕业后主要在专业运动队、各级医院的康复机构、体育运动基地、健康休闲俱乐部、职业运动俱乐部、养老院、医药卫生部门、健康与康复科研所、体育与卫生行政部门等机构，从事康复治疗、健康教育、健身指导、健康测定与评估、卫生保健、医疗监督等工作。
从大体上看两个专业的就业方向有一定的交叉，例如部分运动康复专业的人才如果学习过物理治疗学、心理治疗学等课程，在一定程度上就可以在毕业后到医疗系统从事物理治疗师、心理治疗师等工作，并且很多高校院校授予该专业毕业生都是理学学士学位，符合卫生部科教司2003年9月1日颁布的《康复治疗专业技术人才准入标准 (康复治疗师) 》试行条例规定，毕业生可以参加国家康复治疗师资格统一考试而获得康复治疗师从业资格，并可根据规定晋升职称。同样，康复治疗师可以选择一直在医院内部发展，也可以凭借从业经验在运动俱乐部或体工队做队医，还可以向假肢及矫形器师（P&O）等康复工程学的方向发展。
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