康复科2012年被江苏省卫生厅指定为首批江苏省康复治疗师规范化培训基地。内设神经康复、骨关节康复、产后康复及心肺运动功能评估。设置床位50张。拥有主任医师1人，主治医师2人，住院医师4人；副主任技师2人，主管技师4人，技师13人，硕士以上学历5人。
科室拥有一批先进的康复设备MOTOmed上下肢主被动训练系统、上下肢主动训练系统、下肢卧蹲训练系统、下肢智能反馈康复训练系统（康复训练机器人）、动静态平衡训练系统、物理治疗工作站（电疗、电诊断、双频超声、负压治疗）、减重支持训练系统、悬吊训练系统、吞咽言语诊治仪、肌电生物反馈电刺激仪、经颅磁刺激仪、虚拟情景训练系统。
电诊断、超声评估、环咽肌失迟缓导管球囊扩张技术、超声引导联合电刺激定位肌痉挛的肉毒毒素神经肌肉阻滞技术、虚拟情景训练、心肺运动功能评估和训练、产后康复及盆底肌训练为科室特色医疗。
在核心期刊发表论文4篇，主编科普著作1部，副主编康复治疗专业教科书3部。
康复医学是研究有关功能障碍的预防、诊断、评定、治疗和训练等问题的综合性学科，其宗旨是采取各种措施恢复和改善病、伤、残者生理和心理功能、提高日常生活活动能力和工作能力，尽可能早日回归家庭和社会。 康复医学与保健医学、预防医学、临床医学共同组成全面医学。其工作内容包括康复预防、康复评定和康复治疗。服务对象为各种长期功能障碍的患者，包括残疾人、各种慢性病患者、老年人和急性病恢复期（有可能发生长期功能障碍）的患者，以及亚健康人群。
南京明基医院康复医学科设有诊察室、功能评定室、理疗区、运动治疗区、作业治疗室、言语评定与治疗室、心理治疗室等，并按卫生部三级医院要求配备有国内外先进的康复评定和训练设备。分别在骨科和神经内、外科病区开设了面积约150㎡的康复治疗室。2016年4月，在医技楼一楼新增了面积1850㎡的康复评定室、康复门诊和训练大厅。
康复医学科主要采用神经肌肉功能评定、平衡和协调功能评定、步态分析、言语和吞咽功能评定、认知功能评定、日常生活活动能力评定等康复评定方法，应用物理治疗，运动治疗，作业治疗，言语治疗，假肢和矫形器的装配和应用指导（即康复工程）等综合康复治疗手段，对骨关节肌肉病损（颈椎病、肩周炎、腰椎间盘突出症、骨关节炎、关节置换术后、截肢术后、手外伤和运动创伤等）、中枢及周围神经病损（特别是中风后偏瘫、颅脑外伤、脊髓损伤后截瘫、小儿脑瘫、周围性神经损伤等）、脏器（心肺疾病）和代谢性疾病（糖尿病和肥胖症）等功能障碍者进行康复治疗，并对内、外、妇、儿等各科急、慢性炎症进行物理治疗，近年来还开展了产后康复服务。
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